Pendant que les "schismatiques" du nord du Danube subissaient le prosélytisme catholique qui agissait d'une mani?re aussi virulente, sur les orthodoxes du sud se répandaient les vagues successives de l'invasion ottomane. Les Turcs venus de l'Asie Mineure ont mis pied ? terre en Europe sur les côtes de la Mer de Marmara en 1352, et de l? ils se sont répandus en Thrace. Vint ensuite le tour de la Macédoine d'?tre colonisée, apr?s la défaite des Serbes ? Cernomen en 1371, avec les villes de Seres, Skoplje, Bitolia. La Serbie elle-m?me a été assujettie, apr?s la bataille du Champ de la Merle en 1389, et en 1393 a eu lieu la suppression de l'empire bulgare de Tarnovo. Les Ottomans ont atteint, un an plus tard, la ligne du Danube, o? ils commencé les luttes avec les Roumains et les Hongrois pour le contrôle du fleuve. La bataille de Nicopole, de 1396, ? laquelle ont participé aussi des contingents de chevaliers occidentaux, a été favorable aux Turcs: le destin des peuples orthodoxes de la Péninsule Balkanique se développera d?s lors, pendant quelques si?cles, dans la "maison de l'islam ".

            Bien que l'expansion de l'Etat ottoman en Europe ait eu comme support idéologique la doctrine de la "guerre sainte" (djhad) contre les giaours (< kafir "mécréant"), en l'occurrence des chrétiens, l'antagonisme religieux a été atténué de façon massive par la loi islamique tout de suite apr?s la fin des hostilités. Le régime des vaincus, qui tire son origine des normes fixées par le Proph?te Muhammad, a été réglementé également dans les Balkans en conformité avec le droit musulman, qui accordait aux "nations qui ont une Ecriture" (les chrétiens, les juifs et les zoroastriens) la faveur de choisir: soit d'embrasser l'islam, soit de rester dans l'ancienne croyance, la conversion forcée étant réservée aux pa?ens. La majorité des autochtones de la Péninsule Balkanique ont préféré conserver sa religion, ce qui leur a valu le statut de zimmî, c'est ? dire "sujets non musulmans protégés", obligés ? payer la "capitation" (djizya). Le sultan Mehmed II a accordé au patriarche Gennadios Scholarios, apr?s la chute de Constantinople en 1453, des attributions accrues en tant que p?re spirituel des communautés chrétiennes (millet), qui ont joui d'une large autonomie.

            M?me si elle n'a pas été absolue dans la théorie, ni parfaite dans ses manifestations pratiques, la tolérance de l'Etat islamique envers la vie spirituelle des sujets d'une autre croyance a été une réalité incontestable. Une partie des orthodoxes en ont pu apprécier les vertus par comparaison avec les vexations auxquelles ils avaient été soumis par leurs coreligionnaires catholiques: m?me si d'une autre mani?re que les Roumains de la Transylvanie, les byzantins ont eu, eux-aussi, beaucoup ? souffrir pendant les "visites" des croisés ? Constantinople. La plus longue, qui s'est terminée par le refuge de l'Etat dans l'Asie Mineure et par l'instauration de l'"empire latin" aux Détroits (1204-1261), a été une expérience extr?mement traumatisante, qui a alimenté de mani?re substantielle l'ancienne aversion de Byzance envers l'Occident catholique. Un haut dignitaire, Lucas Notaras, a exprimé de façon tranchante l'état d'esprit de ses compatriotes ? un moment crucial de l'histoire, ? savoir dans la perspective de la chute de Constantinople sous les Ottomans: il préférait voir dans la cathédrale de Sainte Sophie le turban turc, plutôt que le chapeau de cardinal.